Bakanlığımız Tabiat Varlıklarını Koruma Genel Müdürlüğünce Muğla ilimizde yer alan Datça-Bozburun, Fethiye-Göcek, Köyceğiz-Dalyan, Gökova Özel Çevre Koruma Bölgelerinde yer alan önemli akarsu, göl ve deniz alanlarında fiziksel, kimyasal ve biyolojik parametrelerin izlenerek sürekli bir veri akışının sağlanması, doğal kaynaklarının kirlenmesinin ve tahribinin önlenmesi için kirlilik etkenlerini kontrol etmeye yönelik gereken önlemlerin alınması ve kaynaklara ilişkin çeşitli kullanım kararlarının oluşturulmasıdır. Ayrıca, özel çevre koruma bölgelerinde işletilmekte olan atıksu arıtma tesislerinin verimliliklerinin izlenerek varsa sorunların tespit edilmesi ve gereken önlemlerin alınması amaçlanmaktadır.
2015 yılında Bakanlığımız Tabiat Varlıklarını Koruma Genel Müdürlüğünce Muğla İli Özel Çevre Koruma Bölgelerinde 52 nokta denizel alanda, 32 nokta akarsu ve drenaj kanalları, 6 nokta göl alanı, 4 nokta yeraltısuyu, 20 nokta arıtma tesisi olmak üzere toplam 114 noktada su kalitesi izleme çalışmaları yürütülmektedir.
