Bakanlığımız Tabiat Varlıklarını Koruma Genel Müdürlüğünce Ülkemizin ve Akdeniz’in en önemli yerleri arasında bulunan Muğla ilimizde yer alan Datça-Bozburun, Fethiye-Göcek, Köyceğiz-Dalyan, Patara, Gökova Özel Çevre Koruma Bölgelerindeki önemli akarsu,  göl ve deniz alanlarında fiziksel, kimyasal ve biyolojik parametrelerin izlenerek sürekli bir veri akışının sağlanması, doğal kaynaklarının kirlenmesinin ve tahribinin önlenmesi için kirlilik etkenlerini kontrol etmeye yönelik gereken önlemlerin alınması ve kaynaklara ilişkin çeşitli kullanım kararlarının oluşturulmasıdır. Ayrıca, özel çevre koruma bölgelerinde işletilmekte olan atık su arıtma tesislerinin verimliliklerinin izlenerek varsa sorunların tespit edilmesi ve gereken önlemlerin alınması amaçlanmaktadır.

2017 yılında Bakanlığımız Tabiat Varlıklarını Koruma Genel Müdürlüğünce Muğla İli Özel Çevre Koruma Bölgelerinde 52 nokta denizel alanda, 36 nokta akarsu ve drenaj kanalları, 6 nokta göl alanı, 16 nokta arıtma tesisi olmak üzere toplam 110 noktada su kalitesi izleme çalışmaları yürütülmektedir.